国有独资公司注册相比其他公司注册程序方面有所不同，相对比较复杂。公司注册后如何建立健全的治理结构，这个问题是非常重要的，他会影响这整个公司的运营。国有独资在社会市场经济中起着无可替代的重要的作用，但在现实运行中治理结构存在着许多不可忽视的问题，所以公司注册成立过程中就要想好如何建立和完善以国资委、董事会、监事会、总经理为核心的公司法人治理结构。
一、股东会的职权由三个机构分享：
股东会职权的"分权制"由于只有一个股东，注册国有独资公司不设股东会，相当于普通有限公司的股东会的职权由三个机构分享(《公司法》第66条)。
(1)一般由国资委行使。
(2)董事会基于国资委的授权可以行使部分职权，但涉及公司合并、分立、解散、增减资本和发行公司债券等重大事项的，必须由国资委决定，不得授权。
(3)重要的国有独资公司(由国务院确定)合并、分立、解散、申请破产的，由国资委审核后报本级人民政府批准。
另依《公司法》第65条，国有独资公司章程由国资委制定，或由董事会制定并报国资委批准。
二、董事会在不设股东会的前提下，公司治理的核心就是董事会：
《公司法》第67条规定。董事会为必设机构，每届任期不超过3年，在董事人数与任期等方面与普通有限公司注册并无不同，其特殊性在于:
(1)委派董事与职工代表董事。董事会由委派董事和职工代表董事组成，职工代表董事由公司职工代表大会选举产生，没有比例要求。职工代表董事以外的董事由国资委委派，称为委派董事。董事长、副董事长由国资委从董事会成员中指定。
(2)更大的职权。董事会拥有比普通有限公司董事会更大的权力，除了可以行使后者的全部职权外，还根据国资委的授权"行使股东会的部分职权，决定公司的重大事项"。
(3)严格限制兼职。《公司法》第69条规定:董事长、副董事长、董事、高级管理人员未经国资委同意，不得在其他公司或者其他经济组织兼职。这一规定与管理层的竞业禁止义务并不相同，之所以严格限制国有独资公司管理层兼职，旨在防止因管理层兼职而疏于对公司注册后的管理，并因此而造成国有资产流失。
三、相对于普通有限公司的监事会，国有独资公司的监事会的特殊性在于:
监事会《公司法》第70条规定，监事会是必设机构，主要职责是维护公司与国家的利益，防止国有资产流失。
(1)组成及其产生。监事会成员不得少于5人，除了不低于1/3的职工代表监事外，其余成员由国资委委派，监事会主席由国资委从监事会成员中直接严宀是由国资委派出的，故称为"外派监事"。
(2)职权。《公司法》第70条第3款规定了两部分职权:一是普通有限公司注册的监事会部分职权一《公司法》第53条规定的监事会职权共为7项，国有独资公司这侧的监事会可以行使其中前三项;二是国务院规定的其他职权。
四、国有独资公司注册的经理的特殊性在于:
(1)必设机构。《公司法》第68条规定，国有独资公司设经理，系强制性规范; 司法》第49条，普通有限公司"可以"设经理，为任意性规范。
(2)严格限制兼职。董事会成员兼任经理的，须经国资委同意;在普通有限公司注册后， 可以决定董事兼任经理。另外，国有独资公司注册后的法定代表人是由董事长还是由经理担杠， 决于国资委。
