民办非企业单位与社会团体的根本区别有四点：
一是社会团体可以举办民办非企业单位，而民办非企业单位不能举办社会团体；
二是社会团体可以设立分支机构，而民办非企业单位则不得设立分支机构；

三是社会团体是由公民自愿组成的会员制组织，其组织结构具有松散性，活动具有不定期性，与社会团体相比，民办非企业单位是面向社会开展服务的组织，其活动特点是连续的、经常的，其组织结构具有实体性；
四是社会团体必须具有法人资格，能独立承担民事责任，而民办非企业单位则有一类具有法人资格，其余两类不具有法人资格。
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