1、合一的证的数目不同：
三证合一:是将工商营业执照、税务登记证、组织机构代码合为一证；
五证合一：是将税务登记证、营业执照、组织机构代码证、社会保险登记证和统计登记证合为一证。

2、执行时间不同：
三证合一:的起始执行时间是2015年10月1日起；
五证合一:的起始执行时间是2016年10月1日起。
3、采用的模式不同：
三证合一:采用的模式有，三证（多证）合办模式、一证三号（多号）模式；
五证合一：采用的模式是，一照一码的模式。
三证合一实施方案：
1）兼容并蓄，降低成本。以当前基础较好、应用广泛的组织机构代码为基础，最大限度满足各部门管理需求，降低另建及改造成本，减轻社会负担。
2）统一标准，分步实施。制定统一代码制度建设相关标准，确定代码位数和构成。设立过渡期，实现现有各类机构代码逐步向统一代码过渡。
3）立足当前，着眼长远。以满足需求、便利管理为导向，制定适合当前各部门兼容使用的编码规则，为将来各部门之间信息共享和业务协同打好基础。
五证合一办理方式：
1）新的“五证合一”办证模式，采取“一表申请、一窗受理、并联审批、一份证照”的流程：首先，办证人持工商网报系统申请审核通过后打印的《新设企业五证合一登记申请表》，携带其他纸质资料，前往大厅多证合一窗口受理；
2）接着，窗口核对信息、资料无误后，将信息导入工商准入系统，生成工商注册号，并在“五证合一”打证平台生成各部门号码，补录相关信息，同时，窗口专人将企业材料扫描，与《工商企业注册登记联办流转申请表》传递至质监、国税、地税、社保、统计五部门，由五部门分别完成后台信息录入；
3）最后打印出载有一个证号的营业执照。办证模式的创新，大幅度缩短了办证时限，企业只需等待2个工作日即可办理以往至少15个工作日才能够办结的所有证件，办事效率得到提高。