公安机关对代持股权合同诈骗的立案程序大概是这样的：一开始，报案人得把详细的报案材料交给公安机关，这里面得有合同、转账记录、聊天记录之类的，能证明有诈骗行为的证据都得交上。

公安机关会仔细审查这些报案材料，看看符不符合立案的条件。

要是符合了，那就会立案，然后开始初步的调查工作，去摸排和取证，把犯罪嫌疑人的身份啊、行为之类的情况弄清楚。

在调查的过程中，还会收集更多的证据，像证人的证言、相关的文件等等，就是为了让证据更充分。

要是经过一番调查，认定确实存在诈骗行为，并且达到了立案的标准，公安机关就会依法对犯罪嫌疑人采取强制措施，像是拘留、逮捕之类的，接着就会把案件移交给检察机关去审查起诉，这样就正式进入刑事诉讼程序。