如果合伙开店的账目存在不清的情况，可以采取以下办法。首先，和合伙人一起商量，制定出详细的对账规划，把对账的时间、方式以及参与的人员等都明确下来。其次，对店铺的所有收支情况进行全面的整理，像现金、银行的流水记录、发票等都要涵盖在内，保证每一笔交易都能有记录可以查询。要是自己对账比较困难的话，可以聘请专业的会计师来进行审计，他们凭借专业的知识和技能，能够准确地清查账目。与此同时，在对账的过程中，一定要保存好所有相关的凭证和资料，以防后续可能出现的法律纠纷。如果经过协商和审计还是无法解决账目不清的问题，就可以按照合伙协议中的约定或者相关的法律法规，去寻求调解或者诉讼等途径，以此来维护自己的合法权益。