在处理撤销股权转让协议的纠纷时，首要依据便是《民法典》中有关合同撤销的规定。

倘若存在欺诈、胁迫、重大误解或者显失公平等情况，遭受损害的一方具备请求人民法院或者仲裁机构予以撤销的权利。

从证据层面来讲，主张撤销的那一方有责任承担举证义务，需证实存在可撤销的法定情形。

像若以欺诈为理由，就必须证明出让方刻意隐瞒了关乎公司重大债务等会对股权价值产生关键影响的信息。

在程序方面，可先尝试通过协商来解决纠纷，倘若协商无果，就向有管辖权的法院提起诉讼，或者依据仲裁条款申请仲裁。

要是法院或仲裁机构判定符合撤销的条件，那么该股权转让协议从一开始就不具备法律约束力，双方应恢复到协议签订之前的状态，这可能会涉及到股权的返还以及转让款的退还等一系列相关事宜。