当遭遇与已注销公司的合同纠纷时，情况着实复杂。

首要的是明确该公司在注销过程中是否依照法律进行了清算。

倘若未依法清算就办理了注销手续，那么债权人有权起诉公司的股东、发起人或是出资人，让他们对公司的债务承担清偿责任。

起诉的流程如下：需精心准备起诉状，将原告（即债权人）以及被告（如股东等主体）的基本信息详细列出，明确诉讼请求，像要求被告承担合同债务等，同时阐述清楚事实与理由，把合同关系以及公司注销未依法清算等情况详细说明。

接着把起诉状递交至有管辖权的人民法院，一般是被告住所地或者合同履行地的法院。

并且要附上关键证据，像合同文本、履行凭证等。

法院受理后，便会依照法定程序进行审理并给出判决。