首先，明确有管辖权的法院至关重要。

通常依据被告的住所地或者合同履行地的法院管辖原则来进行确定。

这样能确保诉讼程序在合适的司法区域进行，保障法律的公正实施。

接着，精心准备起诉状。

起诉状需清晰写明原告与被告的基本信息，像姓名、详细地址等，让诉讼主体一目了然。

同时，要明确提出诉讼请求，比如请求赔偿一定数额的损失，或是确认合同的法律效力等。

并且要详细阐述纠纷的事实与理由，涵盖企业公司制改造合同的签订过程以及在履行过程中所产生的各种争议等情况。

然后，全面收集证据材料。

诸如合同文本，它是最关键的证据，能直接证明合同的约定内容；双方往来的信函，可反映沟通情况与意见分歧；转账记录，能证明款项的往来与交易事实；还有证人证言，能为案件事实提供有力的佐证。

将起诉状和这些证据材料一并提交给法院的立案庭。

法院受理后，会及时向被告送达起诉状副本等法律文书，被告则需在规定时间内提交答辩状。

之后，法院会安排开庭审理，双方在此过程中进行举证、质证、辩论等重要环节，最终由法院作出公正的判决。