首先，务必明确具有管辖权的法院，通常是公司所在地的人民法院。

在起诉阶段，原告股东必须向法院递交起诉状，详细写明原告以及被告的基本信息，清晰阐述诉讼请求，像要求确认股东的出资权益，或者要求被告承担违约责任等。

同时，要把事实与理由讲清楚，也就是详细说明股东出资权益纠纷是如何产生的，以及产生的原因等。

接着，要提交相关的证据材料，诸如公司章程，它能明确股东的权利与义务；股东出资证明，可证明股东已履行出资义务；还有股东会议记录等，这些证据能够证明股东的身份、出资情况以及权益受到侵害的情况。

法院受理案件后，会把起诉状副本送达给被告，并通知被告进行答辩。

随后便进入庭审程序，双方在此过程中要进行举证、质证以及辩论等环节。

最后，法院依据事实和法律作出判决。

倘若一方对判决不服，在规定的期限内还可以提起上诉。