南京农民专业合作社终止经营时，合规注销是保障成员权益、规避法律风险的关键环节。本文系统梳理注销流程及操作要点，助力合作社高效完成注销登记。

一、政策依据与注销原则
根据《中华人民共和国农民专业合作社法》及《南京市农业经营主体退出机制实施方案》，合作社注销需遵循“成员决议、资产清算、公告登记”原则，确保债务清偿率达100%，成员权益分配合法合规。

二、注销前核心准备工作
成员大会决议：召开全体成员大会，出具《终止经营决议书》，明确注销原因、清算组成立及成员权益分配方案，参会成员签字率需达2/3以上。
清算组备案：成立由合作社理事长牵头的3-5人清算组，编制《清算方案》并报南京市农业农村局备案，重点核查未结清贷款、合同纠纷及土地流转协议。
债务公告：通过南京市市场监管局官网或《南京日报》发布注销公告，公示期不少于45日，同步书面通知已知债权人。
三、注销登记关键流程
线上预审：登录江苏省企业全链通综合服务平台，选择“农民专业合作社注销”模块，填写《注销登记申请书》并上传成员决议、清算报告等材料，系统自动核验营业执照、公章等信息。
线下提交：携带材料至合作社注册地所属区政务服务中心“农综窗口”，提交原件核验，重点审核土地承包合同、财政补贴发放记录等特殊材料。
简易注销：未发生债务或已清偿的合作社，可免于清算组备案，通过公示系统发布简易注销公告，20日内完成注销登记。
四、高频合规风险点
材料缺失：成员决议、土地流转协议、财政补贴清算表需形成完整证据链。若涉及政府扶持项目，需提供主管部门出具的验收合格证明。
债务遗漏：未结清的银行贷款、供应商货款可能导致成员被追责，建议注销前完成债务清算并取得债权人书面确认。
公告违规：公告内容需包含合作社名称、注销原因、债权人申报期限，未按规定公示可能导致注销申请被驳回。
五、后续管理建议
注销完成后，合作社需保留注销申请、清算报告、债务清偿凭证等档案至少五年，并定期自查原经营场所，防止遗留合同、印章引发责任追溯。土地流转协议终止后，需及时到南京市规划和自然资源局办理土地经营权变更登记。

南京农民专业合作社注销需严格遵循“决议-清算-公告”三步走原则。提前三个月启动准备工作，与农业农村、市场监管部门保持密切沟通，可有效缩短注销周期，规避法律风险。