1、在公司组织机构的选择上，公司法将许多关于公司治理的事项都赋予公司章程进行自治，如公司法定代表人的确定、董事长、副董事长的产生办法等。公司可根据实际情况选择适合于自身的公司治理结构。

2、在公司组织结构的职权、职责和义务界定上，公司法允许公司根据自身特点，在公司章程中对组织机构的职权和职责进行详细的规定。如股东会、董事会、监事会职权的规定中都允许公司章程规定的其他的职权。

3、在公司组织机构的运转上，公司法给予了章程更大的自主性和自治空间。如规定股东会议的表决权可由公司章程另行规定，股东会、董事会和监事会的议事方式和表决程序，除公司法另有规定的外，都可以由公司章程规定。

公司章程的制定和修改

（一）制定

股份有限公司的章程由发起人制定，有限责任公司的章程由全体股东共同制定。有限责任公司中的国有独资公司，其章程的制定在《公司法》第66条规定有两种制定方式：一种是国有资产监督管理机构制定；一种是由董事会制定，报国有资产监督管理机构批准。对于一人公司的章程制定是由股东一人制定。

制定公司章程是多人的共同行为，须经全体制定人一致同意。公司章程应当采用书面形式，全体制定人在公司章程上签名盖章，公司章程才能生效。但是，仅此而已，无需登记才生效。

（二）修改

原则上公司章程所记载的事项，不论是绝对记载事项，还是任意记载事项，均可变更，但要遵循以下原则：第一，不损害股东利益；第二，不损害债权人利益；第三，不妨害公司的一致性。

公司章程的修改是重大事项，要经过出席股东大会的股东所持表决权的2／3以上通过。