要是民营企业的股东有职务侵占的行为，能通过这些办法来处理。首先，公司得留存相关的证据，像财务方面的账目、交易的记录之类的，用来证实股东的侵占举动。接着，公司可以向公安机关报案，让公安机关去展开侦查。要是经过侦查确定股东构成了职务侵占罪，就会依照法律来追究他的刑事责任。与此同时，公司还能通过民事诉讼，让这个股东把侵占的财物返还回来，并且赔偿公司所遭受的损失。在民事诉讼过程中，公司得承担起举证的责任，得证明股东的职务侵占行为以及损失的具体数值。总之，针对民营企业股东的职务侵占行为，公司得赶紧采取行动，以维护自身的合法权益。