首先，明确具有管辖权的法院至关重要，通常为被告的住所地或者合同的履行地所在的法院。

接着，精心起草起诉状，务必清晰写明原告（即起诉方）以及被告（被诉方）的基本信息，详细列出诉讼请求，像要求确认合并无效或是要求赔偿损失等。

同时，要充分阐述事实与理由，把公司合并纠纷产生的具体情形详细地呈现出来。

随后，积极收集相关证据，像是合并协议、股东会决议以及财务报表等能够有力证明纠纷事实的材料，并且要按照被告的人数再加上 1 的数量准备好副本。

之后，将起诉状和证据副本一并提交给法院的立案庭，一旦立案成功，法院便会及时通知双方当事人关于开庭的时间、地点等重要事项。

在庭审过程中，双方会依次进行举证、质证以及辩论等环节，最终由法院作出公正的判决。