代理记账公司是指接受委托，代表企业进行财务记账、核算以及报税等业务的专业机构。这些公司通常会与客户签订财务外包代理记账合同，明确服务项目和费用。服务内容包括但不限于：接收客户的原始票据和凭证，进行初步整理；进行会计核算、账务处理、税款计算；准备税务申报材料，并与企业沟通纳税情况；完成税务申报工作后，返还给企业相关的财务报表和纳税申报材料。

不按科目做账指的是代理记账公司在处理客户的财务账目时，没有按照规定的会计科目进行分类和记录。这可能导致账目混乱，无法真实反映公司的财务状况，进而影响到公司的财务管理、决策制定以及税务申报的准确性。

代理记账公司如果不按科目做账，可能会导致账目混乱，无法清晰地反映出公司的收入、支出、利润等情况。这对于公司的管理层来说，是非常不利的，因为他们无法根据这些数据做出正确的决策。

不按科目做账还可能会影响到税务申报的准确性。如果账目不清，可能会导致漏报或者错报税务信息，这可能会引起税务机关的关注，甚至引发税务纠纷。

不按科目做账可能会导致法律风险。如果被税务机关查出，可能会面临罚款、补税等法律后果。如果因为账目不清而导致公司财务出现问题，也可能会影响到公司的信誉，甚至影响到公司的正常运营。

代理记账公司应加强内部管理，建立健全的会计制度和工作流程。这包括对会计人员的职业素质要求，以及对会计核算工作的规范性要求。同时，应加强对客户提供的原始凭证和会计信息的审核，确保其真实性和准确性。

代理记账公司应提高会计人员的职业素质，确保他们具备足够的专业知识和技能，能够按照会计准则和税法规定进行会计核算和税务申报。应对会计人员进行定期培训，以提高他们的专业水平和工作质量。

代理记账公司应建立与客户的沟通机制，及时向客户通报账目处理情况，同时，应积极听取客户的意见和建议，改进服务质量。

代理记账公司可以考虑使用专业的会计软件，以提高工作效率和质量。这些软件通常具有自动化、智能化的特点，可以帮助会计人员更快速、更准确地完成账目处理和税务申报工作。

代理记账公司不按科目做账是一个严重的问题，可能会导致账目混乱、影响税务申报的准确性，甚至带来法律风险。因此，代理记账公司应加强内部管理，提高会计人员的职业素质，建立与客户的沟通机制，并使用专业的会计软件，以提高服务质量，避免不必要的风险和损失。同时，客户在选择代理记账公司时，也应谨慎，选择有正规代理资质、成立时间长且有丰富经验的代理记账公司。